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Datenbank für Molekülbewegungen:

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Kann 10, 2016 Manda Lindenau D 0 4

Die Datenbank für Makromolekulare Motions ist ein Bioinformatik-Datenbank, die makromolekulare Bewegungen, die manchmal auch als Konformationsänderung bekannt zu kategorisieren versucht. Es wurde ursprünglich von Mark B. Gerstein, Werner Krebs und Nat Echols im Molekulare Biophysik & amp entwickelt; Abteilung Biochemie an der Yale University.

Benutzer können die Datenbank für eine bestimmte Bewegung von beiden Proteinnamen oder Proteindatenbank-ID-Nummer zu suchen. Typischerweise ist jedoch die Benutzer die Datenbank über der Protein Data Bank, die häufig ein Hyperlink auf die molmovdb Eintrag für Proteine ​​in beiden Datenbanken gefunden eingeben.

Die Datenbank enthält ein webbasiertes Tool, das Nicht-Experten zu animieren und zu visualisieren, bestimmte Arten von Protein Konformationsänderung durch die Erzeugung von kurzen Filmen ermöglicht. Dieses System verwendet Molekülmodellierungstechniken, die strukturellen Änderungen zwischen zwei verschiedenen Protein-Konformere zu interpolieren, und um einen Satz von Zwischenstrukturen zu erzeugen. Ein Hyperlink zeigt auf die Morph-Ergebnis wird dann an den Benutzer per E-Mail.

Der Morph Server war ursprünglich in erster Linie ein Forschungsinstrument und nicht allgemeine Molekular Animation-Tool, und somit bot nur eingeschränkte Benutzer die Kontrolle über Rendering, Animationsparameter, Farbe und Sicht, und die ursprünglichen Methoden benötigt manchmal eine ganze Menge CPU-Zeit bis zur Fertigstellung . Seit ihrer erstmaligen Einführung im Jahr 1996 haben die Datenbank und die zugehörigen Morph-Server-Entwicklung unterzogen, um zu versuchen, einige dieser Mängel zu beseitigen sowie neue Funktionen, wie beispielsweise Normalmodus Analysis. Weitere Forschungsgelände wurden anschließend alternative Systeme wie Moviemaker von der University of Alberta entwickelt.

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